Marcos Galperin nasce a Buenos Aires, in Argentina. Cresce in una famiglia benestante, proprietaria di SADESA, una delle più grandi aziende del mondo nel settore della pelle.

Frequenta la scuola scozzese Saint Andrew a Olivos prima di proseguire gli studi negli Stati Uniti presso la Wharton School dell’Università della Pennsylvania, dove segue un percorso finanziario. 
La carriera dell’imprenditore inizia nel 1994 quando entra nella compagnia petrolifera argentina YPF, dove gestisce il settore dei Mercati di capitali e le divisioni dei Future e delle Opzioni. L’imprenditore, del resto, aveva fatto uno stage estivo in precedenza presso JPMorgan. Tre anni dopo fa ritorno negli Stati Uniti per conseguire un MBA alla Stanford Graduate School of Business.

L’aventura di MercadoLibre inizia nel 1999 quando ancora studia a Stanford.

Marcos Galperin capisce subito l’importanza delle relazioni nel mondo degli affari visto che è il suo professore di finanza, già investitore, a metterlo in contatto con altri potenziali investitori. Chiede tra l’altro a John Muse, guest speaker e co-fondatore di Hicks Muse, se Marcos lo può accompagnare al suo jet privato. Marcos Galperin si dimostra convincente. Dopo il breve incontro di presentazione Muse decide di investire e chiama anche altri grandi nomi a fare altrettanto come JPMorgan Partners, Flation Partners, Goldman Sachs, GE Capital e Banco Santander Central Hispano.

Da lì a poco nasce MercadoLibre, con meno di 10 persone e una manciata di utenti. 

Nel 2001 eBay entra nel capitale al 19,5% e opera una fusione tra la sua attività brasiliana e MercadoLibre. eBay rivenderà questa sua partecipazione 15 anni dopo. Nel 2007, Galperin quota la sua azienda al Nasdaq dove è oggi conosciuta come MELI. Questa success story, originata in capo al mondo, è un’autentica storia di successo imprenditoriale costruita su basi solide. Trae innanzitutto vantaggio da un monopolio: Amazon ha preferito l’Asia e non è quindi presente sul mercato latinoamericano. Inoltre, il costo della manodopera qualificata vi è contenuto e l’insegnamento universitario di ottimo livello e gratuito: un cocktail che depone a favore del successo di un’azienda innovativa, operativa oggi in 18 paesi dell’America Latina e in Portogallo. 
Marcos Galperin non si accontenta però dell’e-commerce. Lancia, nel 2003, la soluzione di pagamento digitale MercadoPago, una piattaforma che vanta oggi 8 milioni di pagatori attivi, fornisce soluzioni di pagamento a 2,5 milioni di esercenti e propone offerte di credito a fornitori e consumatori.
Nel 2019, MELI firma una partnership con Paypal.

L’uomo d’affari, infine, ha saputo approfittare della pandemia che si è rivelata un’autentica manna per il commercio elettronico.

La piattaforma diventa una delle uniche opzioni per l’acquisto e la vendita di molti prodotti. Infatti, mentre decine di migliaia di piccoli negozi stanno chiudendo, l’azienda sta assumendo (5.000 in tutta l’America Latina e 1.450 in Argentina) e le sue azioni volano a Wall Street. Nel maggio 2020, le azioni di MELI sono arrivate a corrispondere a 23x quelle del gigante petrolifero YPF. Il Financial Times ha collocato MercadoLibre al 37esimo posto tra le aziende con i migliori risultati durante la pandemia. Del resto, è l’unica azienda latinoamericana in classifica. 
Di recente Marcos Galperin ha scelto di modificare il logo della sua azienda nella comunicazione online: la tradizionale stretta di mano che serviva a sigillare gli accordi è diventata un saluto gomito a gomito, più appropriato in tempi di pandemia.
Marcos Galperin è considerato uno dei principali imprenditori tecnologici argentini. Nel 2008 e nel 2018 gli viene riconosciuto il premio Konex quale  uomo d’affari più importante dell’ultimo decennio in Argentina.
L’imprenditore vive a Buenos Aires. Detiene il 9% del capitale attraverso il suo fondo, Galperin Trust.